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高通量测序分析软件StrandNGS
高通量测序分析软件StrandNGS
英文名称:StrandNGS总访问:2655
国产/进口:进口半年访问:616
产地/品牌:StrandNGS产品类别:生物信息软件
型       号:StrandNGS 最后更新:2019-6-3
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销售商: 上海康昱盛信息科技有限公司 查看该公司所有产品 >>
  • 产品介绍
  • 公司简介
Strand NGS原名Avadis NGS, 来自知名软件厂商Strand,是新一代测序数据的分析、管理和可视化工具,可接受illumina,Roche454,ABI SOLID,Ion Torrent, Pacific Biosciences等测序平台的产出数据, 该软件的设计团队为来自美国和印度的科学家,康昱盛公司为该软件的中国地区独家代理。
 
该软件的特色有哪些?
   •1        操作轻松掌握,图形式界面,哪怕不懂编程语言也可以高效的分析数据;
   •2        不仅可以支持多种二代测序平台的数据分析,还可以接受IonTorrent, Pacific Biosciences测序数据进行轻松分析;
   •3        可以轻松操作RNA-Seq、小RNA-Seq、DNA-Seq、Methyl-Seq和ChIP-Seq实验从原始数据质量控制到可发表结果的分析;
   •4        除了软件自带的分析工具,用户也可以写脚本扩展和自定义个性化工作流程;
   •5       内嵌知名通路分析软件IPA的接口,可以让用户更加有效的发掘信息。



StrandNGS服务器版
 
满足研究组多个成员的NGS数据分析需求
促进实验室及个人的科研合作
确保实验数据和分析结果的集中存储
支持随时定期备份
利用大量的计算节点以有效的方式进行分布式计算
大量的API可以方便的连接第三方工具
优化的可扩展性和高效的NGS数据分析性能

结构布局



网络储存设备(NetworkAttached Storage,NAS)硬盘(HardDisk Drive,HDD)

主要特性

方便课题合作
允许不同的人操作同一个项目,方便合作
样品,分析结果和工作流程都可以与个别用户或课题组共享
创建的对象可以在个别用户和群组之间共享
可以通过只读或读写方式共享

计算资源可扩展
服务器通过管理多个计算节点进行大规模计算
可以方便的扩展计算资源,只需将新的计算机加入到网络中,并将它们配置为计算节点
具有分布式计算带来的更高的可靠性
根据“先来先服务”原则执行任务,管理员也可以根据需求来调度任务
专门的窗口显示任务进度和日志

集中存储
对多个用户的数据和分析结果进行集中存储和备份
对需要的数据可以进行随时备份,也可以一周或一个月进行一次备份
支持增量备份(只对新产生的数据进行备份)
存储器可以根据需要进行扩展,当前存储器剩余空间不足时,可以将数据存储在新的存储器上

基于网络的系统管理
允许创建和管理单个用户及用户组
有利于管理计算资源
允许管理员对任务进行调度,暂停或删除
提供系统日志对使用情况进行监控

方便,灵活的部署
服务器版的主要特性是提供单独的安装程序,可以进行独立的安装
根据手头的资源和企业的需求,可以将服务器,计算器和存储器安装在一个大机器上或安装在不同的机器上
系统可以很容易的通过添加更多的客户端,计算节点或存储器进行扩展
支持节点特异性的许可证和共享的流动许可证

推荐的系统配置
对计算和存储的需求取决于样品的数量和分析类型
更大的内存和更高的CPU性能将显著的提高分析通量

下面是一个案例的配置要求:
1000个样本的外显子测序数据,每个样本包含~100M长度为100bp的reads

服务器
•1个四核Intel Xeon CPUs,3GHz主频,8GB的内存。
•200GB本地硬盘。
•支持的平台:64位Linux,Windows或Mac

存储器大小
挂载10TB网络储存设备的网络文件系统
网络文件系统(Network File System, NFS)
网络储存设备(Network AttachedStorage,NAS)

计算节点
在一个月内处理200个样品,需要3个计算节点,每个节点具有:
•2个四核Intel Xeon CPU,3GHz主频,16GB内存。
•200GB本地硬盘
•计算节点和网络储存设备之间具有1Gbps的局域网连接。
•在64位的Linux,Windows或Mac上运行。
 
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