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质谱数据的蛋白质鉴定软件Mascot Server
质谱数据的蛋白质鉴定软件Mascot Server
英文名称:Mascot Server总访问:7973
国产/进口:进口半年访问:19
产地/品牌:英国MatrixScience产品类别:生物信息软件
型       号:MatrixScience 蛋白质鉴定软件 最后更新:2019-7-3
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销售商: 上海康昱盛信息科技有限公司 查看该公司所有产品 >>
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MASCOT Server®: 基于质谱数据的蛋白质鉴定软件
蛋白质组学是针对特定生理状态下细胞或者组织中蛋白质数量及种类的研究。目前蛋白质组学的核心研究方法是基于凝胶电泳以及高效液相色谱(HPLC)分离技术以及质谱分析方法。Mascot软件工具是针对质谱数据,利用分子序列数据检索的方法来鉴定样本中蛋白质的组成以及翻译后修饰的行业标准软件。这种针对蛋白质或核酸序列数据库的检索需要高强度的计算过程,并需要复杂的统计学算法,才能得到快速且准确的分析结果。

产品特性
由于众多独特的优势,Mascot已经成为目前该领域研究应用的行业标准:
●通过一个整合的软件包,支持目前主流的三种检索算法;
●通过特有的基于实概率的打分方法,支持标准统计显著性检验分析;
●针对大数据集检索的特点,整合FDR阈值选项及Percolator大规模数据检索质量控制算法,大大提高大规模数据检索的结果质量;
●可用于检索任何FASTA数据库,包括蛋白质数据库、EST数据库以及基因组数据库;
●可以自动建立检索目录,自动扫描数据库目录中已有的库文件识别其格式,无需指定酶的特异性,对于特异性的化学修饰或翻译后修饰的鉴定都非常灵活;
●支持几乎所有常用的质谱仪输出的数据格式。通过高效率的代码可满足从单线程到多线程系统或集群的高通量计算需求;
●支持所有的Web浏览器,给出概述性和详细的结果报告,可自定义蛋白检索报告形式,并且配以详尽的在线帮助文档帮助用户理解分析结果;
●已有数千个学术及商业用户,被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”;

 

通过一个整合的软件包,同时支持目前主流的三种检索算法
Mascot Server 2.4 支持三种蛋白质搜库策略,其中包括2D-PAGE联用MALDI技术常用的 Peptide Mass Fingerprint (PMF)。在鉴定LC-MS及复杂MALDI样品中采用MS/MS Ion Search,另外Mascot提供了Sequence Query功能,可以分子量和碎片离子信息联合搜库。

基于实概率打分算法,显著性统计结果评估及Percolator
大规模数据集结果优化算法

Mascot 计算得到的概率值描述了实验数据与质谱分析被选出的多肽或蛋白质所得到的数值之间可观察到的匹配的随机性。而正确的匹配,及非随机事件,则具有很低的概率值。
基 于实概率的打分方法作为识别和避免假阳性出现的关键,同时也是实现自动化分析的重要前提。只有通过建立一定的打分尺度和规则,基于规则的软件系统才能直接 判断所得出的每个鉴定结果是否可靠。而Mascot Percolator则为大规模蛋白质组学鉴定提供了优化的质量控制算法,同时通过灵活的FDR调节功能可以极大的改善大规模组学鉴定结果。




上图为Mascot打分得到匹配肽段和蛋白的柱状图。计分公式为-10*Log(P), 其中P是一个概率值,表示了被观察到的匹配的随机性。如果分值落在绿色阴影区就表示是随机匹配,而正确的肽段匹配分值需要大于41。
Reference: Perkins, D.N. et al. (1999)
Probability-based protein identification
by searching sequence databases using mass spectrometry data.
Electrophoresis, 20, 3551-3567


上图为Mascot 为大规模蛋白质组学鉴定提供的Percolator算法选项和FDR控制面板,用户可以选择使用Percolator算法来优化搜库结果,同时可以调节FDR阈值来查看结果的变化。


搜索任何蛋白质、EST或DNA数据库智能、自动化的数据库管理模块



Mascot支持蛋白质、EST或DNA序列的fasta数据库搜库功能,自动地将核酸序列翻译为氨基酸序列进行蛋白质的匹配,同时支持多个不同数据库联合搜库功能,快速鉴定包含各类蛋白信息的质谱谱图。
Server 2.4 提供了智能化的fasta数据库文件扫描功能,方便的批量导入来源于各大蛋白质数据库的fasta序列文件,同时能够在线自动更新序列库,省却更新烦恼。而向导式数据库构建模块能够快捷地新建各种自定义数据库。



功能强大的后修饰及定量方法管理模块能够快速的浏览、编辑、新建各种翻译后修饰类型和定量方法,大大便利质谱方法学工作者的日常研究。





Mascot Daemon 客户端特点:
●批量递交搜库任务:可以同时递交一系列的搜库文件进行同时、队列或者定时的搜库;
●实时监控任务进程:当任务递交后,能够随时监控其搜库的进度;
●建立灵活的队列任务:能够对同一质谱文件进行多参数的多轮队列搜库;
●和Distiller联用可以批量进行所有类型的质谱原始文件搜库。
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